Из личного опыта. Самым распространенным способом локального (не через интернет) заражения является автозапуск. Т.е. в Windows есть механизм автозапуска, который запускается при вставкe/открытии флэшки или диска(CD/DVD или жесткого). Этот механизм считывает и выполняет инструкции из файла autorun.inf расположенного в корневом коталоге диска.
Лучшим методом борьбы с авторанами, является отключение механизма автозапуска. Прикрепленный файл реестра поможет отключить этот механизм. Нужно скачать и запустить этот файл, подтвердить согласие.
